因滴虫性阴道炎可同时有尿道、尿道旁腺、前庭大腺滴虫感染，欲治愈此病，需全身用药，主要治疗药物为甲硝唑及替硝唑。
1.全身治疗
1.全身治疗
（1）甲硝唑（灭滴灵） 成人每天3次，儿童酌减。肠道滴虫病疗程3～5天。滴虫性尿道炎、阴道炎、口腔炎用药7～10天。孕妇、哺乳期妇女禁用。
（2）替硝唑
用于泌尿生殖道及口腔感染，首剂加倍，每天1次，用药5～6天。
（3）曲古霉素么 每天3次，共用药5～7天。
2.局部治疗
（1）滴虫性阴道炎 先用肥皂棉球擦洗阴道壁，并用0.02%高锰酸钾溶液或温开水冲洗阴道，再用1%乳酸或0.5%醋酸洗后擦干。
滴维净、卡巴胂或甲硝唑，任选一种塞入阴道后穹隆或喷洒阴道内，每晚或隔夜一次，7～10天为1疗程，可连用2～3个疗程。
（2）口腔清洁 用盐水漱口，保持口腔清洁卫生，睡前不进食甜味食品等。
1、全身用药
初次治疗可用甲硝唑2g，单次口服；或替硝唑2g，单次口服；或甲硝唑400mg，每日2次，连服7日。口服药物的治愈率为90%~95%。
服药后偶见胃肠道反应，如食欲减退、恶心、呕吐。此外，偶见头痛、皮疹、白细胞减少等，一旦发现应立即停药。甲硝唑用药期间及停药24小时内，替硝唑用药期间及停药72小时内禁止饮酒，哺乳期用药不宜哺乳。
2、性伴侣应一起接受治疗
男性滴虫病患者仅有不到 20%有症状，其他人都是症状带虫者。如果仅妻子治疗，而丈夫不治，性生活又无保护，妻子即使治愈，也会通过性生活被丈夫再次传染。如此周而复始，双方的滴虫病都顽固难愈。因此，对患滴虫性阴道炎的妇女必须要求夫妻双方同时治疗。
3、妊娠合并滴虫性阴道炎的治疗
甲硝唑2g顿服；或甲硝唑400mg，每日2次，连服7日。应用甲硝唑时，最好取得患者及其家属的知情同意。
4、治疗中的注意事项
有复发症状的病例多数为重复感染，为避免重复感染，内裤及洗涤用的毛巾应煮沸5~10分钟以消灭病原体，并应对其性伴侣进行治疗。因滴虫性阴道炎可合并其他性传播疾病，应注意有无其他性传播疾病。
5、治疗后随访
治疗后无症状者无需随访。对甲硝唑2g单次口服，治疗失败且排出再次感染者，增加甲硝唑疗程及剂量仍有效。若为初次治疗失败，可重复应用甲硝唑400mg，每日2次，连服7日；或替硝唑2g，单次口服。若治疗仍失败，给予甲硝唑2g，每日1次，连服5日或替硝唑2g，每日1次，连服5日。