1965年5月22日起，《光明日报》连载了郭沫若写的长文《由王谢墓志的出土论到兰亭的真伪》，文中的王兴之是王羲之的堂兄弟，谢鲲是晋朝宰相谢安的伯父，二人的墓志都是用隶书写成，和王羲之用行书写的《兰亭序》不一样，他推断当时还没有成熟的楷书、行草，并经多方考证，认为《兰亭序》后半部分有悲观论调，不符合当时的思想，从而确认《兰亭序》既不是王羲之的原文，更不是王羲之的笔迹，而是王羲之第七代孙永兴寺和尚智永所"依托"，即冒名王羲之的伪作。他还进一步提出，"现存王羲之的草书，是否都是王羲之的真迹，还值得进一步研究。" 郭沫若此文发表后，引起学术界的震动和极大关注。南京文史馆馆员、著名书法家高二适写了《〈兰亭序〉的真伪驳议》，认为当时就有楷书、行书的记载、传说和故事，而且流传至今的许多碑贴摹本也足以证明楷书字体在当时已经形成，并趋向成熟，认为《兰亭序》"为王羲之所作是不可更易的铁案"。
1998年8月17日，在南京东郊与王羲之同代的东晋名臣高崧墓中，出土了两件楷体墓志。另外，南京及其周边地区先后发现的30多件同时期墓碑上，不仅有隶书，还有行楷、隶楷，说明当时多种书体并存。1999年在南京举行的关于《兰亭序》的学术研讨会上，依然存在各种不同意见。看来这样的学术争论还将继续下去，只不过在书法界的多数人以及广大书法爱好者仍持传统观点罢了。
虽然后人对于《兰亭序》存有真伪之争。可当年唐太宗得到了《兰亭序》却是一致的看法。那么，唐太宗死后，《兰亭序》又流落何处呢？
唐太宗临死前，他嘱咐儿子李治，也就是后来的唐高宗，把《兰亭序》放进他的棺材。李治遵命，用玉匣装着《兰亭序》藏在了唐太宗的坟墓昭陵里。唐末五代的军阀温韬在任陕西关中北部节度使期间，史籍记载："在镇七年，唐帝之陵墓在其境内者，悉发掘之，取其所藏金宝"，李世民的昭陵自然难以幸免，由于昭陵修筑异常坚固，他让士兵费尽力气打通了75丈长的墓道，进入地宫，见其建筑及内部设施之宏丽，简直跟长安皇城宫殿一样。墓室正中是太宗的正寝，正寝东西两厢各有一座石床，床上放置石函，打开石函，内藏铁匣。铁匣里尽是李世民生前珍藏的名贵图书字画。其中最贵重的当推三国时大书法家钟繇和东晋时大书法家王羲之的真迹。打开一看，二百多年前的纸张和墨迹如新。这些稀世珍藏，全被温韬取了出来，但迄今千余年来下落不明。
对此，有些人认为，史书虽然记载温韬盗掘了昭陵，发现了王羲之的书法，但是并没有指明其中包括《兰亭序》，而且此后亦从未见真迹流传和收录的任何记载。温韬盗掘匆忙草率，未作全面、仔细清理，故真迹很可能仍藏于昭陵墓室某更隐密之处。
但是，与之相反，也有另一种说法，就是《兰亭序》没有埋藏到昭陵之中，而是埋在了唐高宗李治的陵墓乾陵之中。持这种观点的人认为：唐太宗死时，并没有提出要将《兰亭序》随葬，而是将《兰亭序》交给了同样喜爱笔墨丹青李治。李治多病，不久病亡。临终前，他在病榻上遗诏，把生前喜欢的字画随葬。因此，在《兰亭序》失传之后，就有人怀疑《兰亭序》并非随葬昭陵，而是被藏在乾陵。
唐代皇陵有十八座，据说被温韬挖了十七座。唯独挖到乾陵时，风雨大作，无功而还。在唐之后，再没有人见过《兰亭序》的真迹，这也使更多人相信《兰亭序》随葬乾陵的说法。
总之，围绕《兰亭序》真迹的下落问题，成为长期以来众说纷纭、争论不休的一个历史文化之谜。究竟如何，看来只有到以后昭陵、乾陵正式发掘之时，才能见个分晓。
一天扮作赶考书生的萧翼喝的烂醉如泥，他突然从囊中取出一轴《兰亭序》摹本，对辨才和尚说到："这是王羲之真迹，万金难买，你我是莫逆之交，才拿出来让你一饱眼福。"为人忠厚的辨才不知是计，对萧翼说："你这个不是真迹，真迹在我的阁楼上藏着呢！"萧翼装作没有听到，昏昏睡去。辨才和尚也知道失言了，赶紧住嘴。萧翼一直"醉而不醒"，似未听见。第二天辨才见萧翼迟迟未来吃饭，前去催请，发现萧翼已不辞而别，只见桌上放着一张感谢馈赠的纸条和许多银两。
太宗皇帝得到《兰亭序》后非常高兴。因为萧翼智取《兰亭序》有功，太宗皇帝提升他为员外郎，加五品，并赏赐给他银瓶、金缕瓶、玛瑙碗各一只和珍珠等。又赐给他宫内御马两匹，并配有用珠宝装饰的鞍辔，宅院与庄园各一座。唐太宗初时还生气辨才大师将《兰亭序》秘藏起来不奉献给他这位当朝天子，稍稍平息一会后又考虑到辨才年事已高，不忍心再加刑在他身上，又过了几个月，太宗皇帝又赐给辨才大师锦帛等物三千段，谷三千石，下敕书让越州都督府衙代为支付。辨才大师得到这些赏赐后，不敢将它们归为己有。将这此赐物兑换成钱，用这些钱造了一座三层宝塔。塔造得特别精丽，直到现在还在。他本人因为受刺激身患重病，不能吃硬饭，只能喝粥，过了一年多就去世了。得到《兰亭序》后，太宗皇帝命令侍奉在宫内的拓书人赵模、韩道政、冯承素、诸葛真等四人，各拓数本，赏赐给皇太子及诸位王子和近臣。
又一说：隋末，广州一位好事的僧人得到了王羲之的《兰亭序》。这个僧人有三样宝物，非常珍惜的收藏着。一是王羲之手书《兰亭序》，二是铜制神龟，三是铁制如意。唐太宗知道后，他派去一个人，用欺骗的手段，从这位僧人手里弄到了《兰亭序》。僧人失去《兰亭序》后说："第一宝物没有了，其余的宝物还有什么会值得可爱收藏的呢？"于是用如意击石，打断了扔了；又将铜龟的一只脚摔坏了，从此不能行走。这一种说法可能是第一种说法的误传。无论如何，这两种说法都承认是唐太宗得到了《兰亭序》。然而，唐太宗千辛万苦得到的《兰亭序》是否是王羲之的真迹却得到了后人的怀疑。